Seminar Computational Proteomics

Nach der vollständigen Sequenzierung vieler Genome ist die Proteomik die nächste große Herausforderung in der Biologie. Die Proteomik erforscht Experessionslevel, Modifikationen und Interaktionen von Proteinen. Dabei ist vor Allem die differenzielle Proteomik, d.h. der Vergleich unterschiedlicher Zellzustände, ein wichtiges Werkzeug für die Identifizierung neuer Wirkstoff-Targets.

Dieses Seminar gibt einen Überblick über die Proteomik mit dem Schwerpunkt auf differenzieller Proteomik (HPLC-MS).

Voraussetzungen

  • Vordiplom/Bachelor in Bioinformatik

Themen-Übersicht

  • Biologische Fragestellungen
  • Übersicht HPLC/MS Proteomik
  • Datenbank Identifikation (Mascot, Sequest, OMSSA)
  • De novo Identifikation (Lutefisk, DACSIM)
  • Quantifizierung (MapQuant, ASAPRatio, MaxQuant)
  • Software: TOPP
  • Daten Repositories: Pride, ProteomeCommons.org, PeptideAtlas
  • Map Alignment: Pose clustering, LCMSWarp
  • Maschinelles Lernen von Peptideigenschaften zur Verbesserung der Identifikation von Peptiden


Termine

  • Vorbesprechung: Do,  22.10.2009  10 c.t., C306
  • Seminartermin: Di, 11 c.t., C306


Datum Thema Vortragender
t.b.a. An introduction to proteomics Andreas Bertsch

Datum Thema
Vortragender
2009-10-22
An introduction to computational proteomics
Andreas Bertsch
2009-11-24 OMSSA
Alf Scotland
2009-12-01 Peptide Prophet
David Wojnar
2009-12-08 PepNovo Immanuel Luhn
2009-12-15 Map Alignment
Günter Jäger
2010-01-12 MapQuant
Zeynep Kosaloglu
2010-01-19 MaxQuant Christopher Mohr
     
     
     

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