Computational Immunomics (BIOINF 3360)

Diese Vorlesung bietet eine Einführung in die Welt der Immunoinformatik. Sie beschäftigt sich mit der Anwendung von Informatikmethoden zur Lösung immunologischer Probleme, z.B. der Entwicklung neuartiger Impfstoffe.

Aktuelles


Die Projektpräsentationen finden am 6. Juli zwischen 13:15h und 16:00h statt. 
Anwesenheit ist Pflicht.

Leistungspunkte


  • Wpfl. Bioinformatik/Systembioinformatik (BSc BI): 4LP
  • Wpfl. Informatik/Ausgewählte Themen der Bioinformatik (BSc Inf, MedienI): 4LP
  • Diplom Bioinformatik/Informatik: praktische Informatik, 2+1
  • Benotung: Klausur oder mündliche Prüfung 50 %, Übungsblätter 25 %, Projektarbeit 25 %
  • Anwesenheitspflicht in der Übung

 

Zeit und Ort


Vorlesung: Dienstag, 14:15-16:00 Uhr, A104

Übung: Dienstag, 13:15-14:00 Uhr, A104.

 

Umfang der Veranstaltung: Vorlesung (2) + Übung (1)

 

Voraussichtliche Übungstermine

Datum In der Vorlesung Übung
20.04.2010 Ausgabe: Übungsblatt 1   
27.04.2010 Abgabe: Übungsblatt 1   
04.05.2010  Ausgabe: Übungsblatt 2  Besprechung: Übungsblatt 1 
11.05.2010  Abgabe: Übungsblatt 2
Ausgabe: Projekte
 
01.06.2010    Besprechung: Übungsblatt 2 
29.06.2010  Abgabe: Projekte  

 

Links


 

Themen der Vorlesung


  • Was ist Immunoinformatik?
  • Eine kurze Einführung in die Immunologie
  • Machine Learning Methoden in der Immunoinformatik
  • Vorhersage von MHC-Peptid-Bindung
  • Vorhersage von Antigenprozessierung
  • Impfstoffentwurf
  • Systemimmunologie

 

Empfohlene Literatur


  • Goldsby, Kindt, Osborne, Kuby: Immunology (5th ed.), Freeman, 2003
    (additional information www.whfreeman.com/immunology5e)
  • Janeway, Travers, Walport: Immunobiology (5th ed.), Livingstone, 2004
    ( searchable book at the NCBI website)
  • Hastie, Tibshirani, Friedman: The Elements of Statistical Learning Springer, 2001
  • H.G. Rammensee (ed.): Immunoinformatics, Wiley, 2003
  • Christianini, Shawe-Taylor: An Introduction to Support Vector Machines and other kernel-based learning methods, Cambridge U Press, 2000
  • Lund, Nielsen, Lundegaard, Kesmir, Buus: Immunological Bioinformatics, MIT Press, 2005
  • Benoist, C and Germain, RN and Mathis, D. A Plaidoyer for 'Systems Immunology'. Immun. Rev. (2006) 210(1):229-234.  http://www3.interscience.wiley.com/journal/118595625/abstract

 

Dozenten


 



Contact: ci@informatik.uni-tuebingen.de